Юкитэру Амано — старшеклассник, испытывающий трудности в общении со сверстниками. Для анализа социального взаимодействия он систематически записывает наблюдения за окружающими в электронный дневник на мобильном устройстве. Стремясь компенсировать одиночество, юноша создаёт воображаемого друга по имени Деус Экс Машина, наделяя его способностями управления временем и пространством.
Воображаемый персонаж материализуется в форме разумного существа, которое предоставляет Юкитэру доступ к модифицированной версии дневника. Новый функционал позволяет фиксировать предстоящие события с высокой точностью прогнозирования. Использование этого инструмента даёт главному герому возможность целенаправленно корректировать параметры собственной жизни.
В процессе использования дневника выясняется существование аналогичных артефактов у других учащихся. Между владельцами специальных записных книжек начинается конкурентное взаимодействие, где победитель получает статус преемника Деуса. Исход данного противостояния остаётся открытым вопросом.
