Хорошенькое лекарство: Девочки-волшебницы. Фильм

После событий, показанных во второй части франшизы, Икари Синдзи оказывается в неизвестном месте. Персонаж пытается понять, где находится и что произошло. Постепенно он начинает осознавать масштабы случившихся ранее событий и их последствия.

В результате сложившихся обстоятельств Синдзи снова сталкивается с армией Ангелов. К нему присоединяются новые союзники, готовые помочь в противостоянии. Конфликт приводит к значительным разрушениям и человеческим жертвам среди мирного населения.

Некоторые из прежних соратников Синдзи предпринимают попытки помешать его действиям. Главный герой продолжает движение к своей цели, преодолевая возникающие на пути трудности. Сюжет развивается через серию столкновений и принятие ключевых решений персонажами.