Разящий меч нового Синсэнгуми

Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает развитыми аналитическими способностями, за что получил прозвище "современный Шерлок". Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится свидетелем преступной сделки членов мафиозной группировки. Обнаруженный преступниками, Шиничи получает неизвестное лекарственное средство, которое вынужден принять под угрозой оружия.

После потери сознания Кудо приходит в себя в теле семилетнего ребенка. Чтобы скрыться от преследователей, он принимает решение изменить внешность и представляться как Эдогава Конан. Шиничи поселяется в доме Ран, где знакомится с ее отцом - частным детективом Когоро Мори, владеющим детективным агентством.

Сохранив интеллектуальные способности и криминалистические знания, Шиничи продолжает расследовать преступления, используя новую внешность как преимущество. Он помогает в работе детективного агентства, параллельно собирая информацию о преступной организации и возможных способах возвращения к первоначальному физическому состоянию.